Plusieurs fusées ont été analysées pour lancer la capsule Kliper, la fusée Soyouz, la Zenith-2SLB, une version améliorée de la Zénith-2, et la fusée Angara-3A. Le but de ce projet est de réutiliser un lanceur existant, quitte à le modifier légèrement, pour minimiser les coûts de développement.
Très vite le choix s'est porté sur une fusée de type Soyouz d'autant plus que le projet de Soyouz à Kourou (Guyane Française), signé le 7 Novembre 2003, laissait entrevoir un partenariat entre l'ESA et Roskosmos pour le lancement de Klipers.
Lanceur Onega, Soyouz
La version modifiée de Soyouz s'est appelé dans les rapports initiaux Soyouz 2-3 puis Onega (Onega est le nom d'un lac non loin de St-Petersbourg). Très peu d'informations ont été délivrés à ce sujet. Sa capacité en orbite basse est de 10t. Une autre version plus puissante est présentée à moscou le 10 Juin 2005 la Soyouz 3, sa capacité d'emport est augmentée à 14t. Tous les moteurs sont changés, le corps central utilise le NK-33 (modification du moteur de la fusée lunaire N1), tandis que les boosters latéraux utilisent des RD-120.10F (moteur modifié venant du corps central d'Energia), enfin le troisième étage est propulsé par un RD-0146E. Les deux premiers étages utilisent de l'oxygène et du kérosène alors que le dernier étage fonctionne avec des carburants cryogéniques.
Vraisemblablement la Soyouz 2-3 aurait put être utilisée pour le Kliper sans ailes et sans module de service (fonctionnant avec le module Parom), tandis que la Soyouz 3 aurait été utilisé pour la version plus lourde ailée et autonome (capable de rejoindre la station par elle même).
